| Variant ID: vg0302708574 (JBrowse) | Variation Type: INDEL |
| Chromosome: chr03 | Position: 2708574 |
| Reference Allele: T | Alternative Allele: TATTAATTA,TATTAATTAATTAATTA,TATTA,TATTAATTAATTA,TATTATTTA,TATTAATTAATTAATTAATTA |
| Primary Allele: T | Secondary Allele: TATTAATTA |
Inferred Ancestral Allele: Not determined.
AAGCTCTGTAAATTAACATGGATGATCATGCAATCTCCATGCAAAGTATTGCTCTGAACAATAAATATTTCAGTAGCTCATGCCAGAGTTATGATGCTCA[T/TATTAATTA,TATTAATTAATTAATTA,TATTA,TATTAATTAATTA,TATTATTTA,TATTAATTAATTAATTAATTA]
ATTAATTAATTAATTAATTAATATAGGTGTCGTTGAATTCATTAAAAAATGTGGATGCGAATTTTTGTTTTCACCCTTTTCACTGCAAGAATTATCATCG
CGATGATAATTCTTGCAGTGAAAAGGGTGAAAACAAAAATTCGCATCCACATTTTTTAATGAATTCAACGACACCTATATTAATTAATTAATTAATTAAT[A/TAATTAATA,TAATTAATTAATTAATA,TAATA,TAATTAATTAATA,TAAATAATA,TAATTAATTAATTAATTAATA]
TGAGCATCATAACTCTGGCATGAGCTACTGAAATATTTATTGTTCAGAGCAATACTTTGCATGGAGATTGCATGATCATCCATGTTAATTTACAGAGCTT
| Populations | Population Size | Frequency of T(primary allele) | Frequency of TATTAATTA(secondary allele) | Frequency of N | Frequency of DEL | Frequency of others Allele |
|---|---|---|---|---|---|---|
| All | 4726 | 41.20% | 40.30% | 8.53% | 0.00% | TATTA: 4.30%; TATTAATTAATTA: 3.62%; TATTAATTAATTAATTA: 2.01%; TATTAATTAATTAATTAATTA: 0.04%; TATTATTTA: 0.02% |
| All Indica | 2759 | 14.80% | 67.30% | 11.38% | 0.00% | TATTA: 5.00%; TATTAATTAATTA: 1.23%; TATTAATTAATTAATTA: 0.22%; TATTATTTA: 0.04% |
| All Japonica | 1512 | 93.40% | 0.30% | 1.98% | 0.00% | TATTA: 4.17%; TATTAATTAATTAATTA: 0.20% |
| Aus | 269 | 14.10% | 4.80% | 16.73% | 0.00% | TATTAATTAATTA: 44.98%; TATTAATTAATTAATTA: 18.59%; TATTAATTAATTAATTAATTA: 0.74% |
| Indica I | 595 | 9.60% | 49.60% | 20.50% | 0.00% | TATTA: 20.17%; TATTAATTAATTA: 0.17% |
| Indica II | 465 | 24.90% | 56.60% | 17.63% | 0.00% | TATTA: 0.43%; TATTAATTAATTAATTA: 0.22%; TATTAATTAATTA: 0.22% |
| Indica III | 913 | 8.10% | 88.90% | 2.08% | 0.00% | TATTA: 0.33%; TATTAATTAATTA: 0.33%; TATTAATTAATTAATTA: 0.22% |
| Indica Intermediate | 786 | 20.60% | 62.00% | 11.58% | 0.00% | TATTAATTAATTA: 3.69%; TATTA: 1.65%; TATTAATTAATTAATTA: 0.38%; TATTATTTA: 0.13% |
| Temperate Japonica | 767 | 98.00% | 0.30% | 1.30% | 0.00% | TATTA: 0.26%; TATTAATTAATTAATTA: 0.13% |
| Tropical Japonica | 504 | 85.30% | 0.20% | 2.98% | 0.00% | TATTA: 11.51% |
| Japonica Intermediate | 241 | 95.40% | 0.40% | 2.07% | 0.00% | TATTA: 1.24%; TATTAATTAATTAATTA: 0.83% |
| VI/Aromatic | 96 | 41.70% | 7.30% | 5.21% | 0.00% | TATTAATTAATTAATTA: 35.42%; TATTAATTAATTA: 10.42% |
| Intermediate | 90 | 53.30% | 25.60% | 10.00% | 0.00% | TATTAATTAATTA: 6.67%; TATTAATTAATTAATTA: 2.22%; TATTA: 2.22% |
| Var ID | Var | Locus | snpEff Annotation | CooVar Annotation | Chromatin Accessibility Score | PolyPhen-2 Effect | PolyPhen-2 Score | SIFT Effect | SIFT Score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| vg0302708574 | T -> TATTAATTAATTAATTAATTA | LOC_Os03g05480.1 | downstream_gene_variant ; 4738.0bp to feature; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTAATTAATTAATTAATTA | LOC_Os03g05470.1 | intron_variant ; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTA | LOC_Os03g05480.1 | downstream_gene_variant ; 4738.0bp to feature; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTA | LOC_Os03g05470.1 | intron_variant ; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTAATTAATTA | LOC_Os03g05480.1 | downstream_gene_variant ; 4738.0bp to feature; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTAATTAATTA | LOC_Os03g05470.1 | intron_variant ; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTAATTA | LOC_Os03g05480.1 | downstream_gene_variant ; 4738.0bp to feature; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTAATTA | LOC_Os03g05470.1 | intron_variant ; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTAATTAATTAATTA | LOC_Os03g05480.1 | downstream_gene_variant ; 4738.0bp to feature; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTAATTAATTAATTA | LOC_Os03g05470.1 | intron_variant ; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTATTTA | LOC_Os03g05480.1 | downstream_gene_variant ; 4738.0bp to feature; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |
| vg0302708574 | T -> TATTATTTA | LOC_Os03g05470.1 | intron_variant ; MODIFIER | silent_mutation | Average:71.568; most accessible tissue: Callus, score: 97.086 | N | N | N | N |